孔子鸟科由侯连海等人（Hou et al.）于1995年命名，包含模式属孔子鸟属，并被划分至鸟纲孔子鸟目。这一类群由Chiappe于1999年给出了种系发生学定义，他将基于节点的分支孔子鸟科（Confuciusornithidae）定义为只包含长城鸟和孔子鸟的一科。Sereno这一定义扩大，将所有亲缘关系与圣贤孔子鸟（Confuciusornis sanctus）更近、与家麻雀（Passer domesticus）相对较远的物种都包含在孔子鸟科中。锦州鸟由侯连海、周忠和及张福成于2002年被加至孔子鸟科，而始孔子鸟由张福成、周忠和及迈克尔·本顿于2008年被归入孔子鸟科。
