鲸鱼为什么会搁浅乃至自杀，对其原因众说纷纭，但各种说法大多与它的回声定位系统有关。
鲸鱼是海洋世界里体积最大的生物，重量从几吨到几十吨不等，因此鲸鱼发生搁浅是一件非常棘手的事。当然并不是搁浅的鲸鱼最终都会死亡，当下次潮水来临时就会将没死的鲸鱼冲回去，剩下死亡的鲸鱼就会进行处理。因为尸体腐烂的臭味会给周围的居民带来困扰，因此有关部门会尽快将尸体处理掉。
同海豚相似，鲸辨别方向并不是靠它的眼睛。鲸的眼睛与它的身体是极不相称的，一条巨鲸的眼睛只有一个小西瓜那样大，而且视力极度退化，一般只能看到17米以内的物体。一条巨大的鲸还不能看到自己的身体那么远。那鲸又依靠什么来测物、觅食和导航呢？原来，鲸具有一种天赋的高灵敏度的回声测距本领。它们能发射出频率范围极广的超声波，这种超声波遇到障碍物即反射回来，形成回声。鲸就根据这种超声波的往返时间来准确地判断自己与障碍物的距离，定位的误差一般很小。
对鲸鱼搁浅“自杀”现象有一种说法是：鲸鱼为了追食鱼群而游进海湾，当鲸鱼游近海边，向着有较大斜坡的海滩发射超声波时，回声往往误差很大，甚至完全接受不到回声，鲸鱼因此迷失方向，从而酿成丧身之祸。
有些是因为海底地震，干扰了导航鲸的定位系统，从而是一群鲸鱼都搁浅，有些是因为受到虎鲸的追赶而搁浅，有些是寄生虫和传染病引起的。
环境污染也曾被认为是造成鲸鱼搁浅的原因。因为那些使海水污染的化学物质，可能扰乱了鲸鱼的感觉。
法国拉罗谢尔海洋哺乳类动物研究中心的副主任科列德博士认为，每条健康的鲸鱼都拥有能在海洋深处定向、定标的发达的定位系统，而军舰声呐和回声控测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，会使鲸鱼的回声定位系统发生紊乱，这是导致鲸鱼集体冲上海滩自杀的主要原因。
另一些科学家通过对数条冲进海滩搁浅自杀的鲸鱼解剖后发现，绝大多数死鲸的气腔两面红肿病变，因此认为，导致鲸鱼搁浅的原因可能是由于其定位系统发生病变，使它丧失了定向、定位的能力。由于鲸鱼是恋群动物，如果有一条鲸鱼冲进海滩而搁浅，那么其余的就会奋不顾身地跟上去，以致接二连三地搁浅，形成集体自杀的惨剧。