鲸鱼，属于哺乳纲鲸目。种类很多，一般分为须鲸和齿鲸。鲸鱼的经济价值很大，常被作为餐桌佳肴或是工业产品的原料。鲸的数量已经因为捕鲸工业的盛行而锐减，成为濒临绝种的生物。现阶段大多数国家都已经签下全球禁捕令，停止捕鲸工业的持续发展。科学家到目前为止还不能准确解释鲸鱼为什么会搁浅，但不断的调查与研究显示，鲸鱼搁浅可能基于以下原因。鲸鱼的疾病或者一些感官器官的衰竭都有可能；还有环境的污染也会造成这种现象的发生鲸鱼是海洋世界里体积最大的生物，重量从几吨到几十吨不等，因此鲸鱼发生搁浅是一件非常棘手的事。当然并不是搁浅的鲸鱼最终都会死亡，当下次潮水来临时就会将没死的鲸鱼冲回去，剩下死亡的鲸鱼就会进行处理因为尸体腐烂的臭味会给周围的居民带来困扰，
自身疾病
一条巨鲸的眼睛只有一个小西瓜那样大，且视力极度退化，一般只能看到17米以内的物体。鲸鱼不依靠眼睛来导航、测物和捕食，而是靠自身耳内的天然雷达发射和接收超声波以测定方位，它们发射出频率范围极广的超声波，这种超声波遇到障碍物即反射回来，形成回声。鲸鱼就根据这种超声波的往返时间来准确地判断自己与障碍物的距离。其内脏不适、出现寄生虫，或者系统本身的原因，都可能使鲸鱼的回声定位系统出现故障。如果鲸鱼耳内钻进寄生虫，发射和接收工作便受到干扰，雷达就会失灵，失去了测定方位的灵敏度，到处乱窜乱游，直到碰到了海滩搁浅而死。
进入海湾等不利地形区。当鲸鱼为了捕食随水势误入地形平缓的水域，一旦退潮会造成搁浅；而当它们为了追食鱼群而游进海湾，向着有较大斜坡的海滩发射超声波时，回声往往误差很大，甚至完全接受不到回声，也会因此迷失方向，造成搁浅。
人类军用声纳干扰
研究证实，鲸鱼会躲避海军用来侦测潜水艇的军用声纳。最常见的搁浅鲸类喙鲸对声纳非常敏感，其生性害羞，常误以为噪音是杀人鲸发出的声音而受到惊吓搁浅。地球上最大的动物蓝鲸，也会为了躲避声纳而中断哺育幼鲸的行为，并快速逃离，最终导致搁浅。会使喙鲸产生激烈反应的声纳强度，远远低于海军演习所允许的声纳强度。而蓝鲸的数量在过去一个世纪已经减少95%。研究人员曾用吸盘把相关装置黏在柯氏喙鲸身上，测量它们所接收到的声音和反应。当模拟海军声纳的声音大到200分贝、距离柯氏喙鲸3公里至10公里时，柯氏喙鲸会先停止哺育幼鲸和游泳，接着快速游开。也有研究发现，蓝鲸因受到声纳的惊吓，错过了数量约一吨的磷虾，而这约等于蓝鲸一天的食物量。进食行为被声纳干扰，可能对鲸个体以及整个族群造成重大的健康问题。
环境污染
鲸豚对听觉的依赖，与人类对视觉的依赖一样。它们靠听觉来沟通、觅食和导航。噪音污染的威胁，迫使敏感的鲸群远离栖息地，甚至导致部分鲸豚受伤或死亡。部分鲸鱼的耳朵受到了严重的噪音损害，在鲸脑部及耳骨周围也有血迹。而污染海水的化学物质也可能扰乱鲸鱼的感觉系统，造成鲸鱼搁浅。
物种内部竞争
冲上海滩搁浅的鲸鱼，很多不是来自于同一个家族，被冲上海滩的时候也都隔开很远。鲸鱼家庭在深水里被拆散，也可能是搁浅的原因之一。鲸鱼家族间的竞争，或因进食、交配的竞争，都可能导致鲸鱼群体被冲散，然后搁浅。
地磁场的异常
太阳黑子的强烈活动会引起地磁场异常，发生地磁暴，这会破坏正在洄游的鲸鱼的回声定位系统，令其犯下方向性的错误。
自然死亡后被冲上海滩
有些搁浅的鲸鱼身体上没有被轮船撞伤或其他痕迹，也可能是鲸鱼自然死亡，后被海浪冲到海滩上误被认作搁浅而死。从渔民发现搁浅鲸鱼，到渔民、渔政进行保护抢救，到鲸鱼死亡，往往不过20至30个小时。鲸鱼搁浅后，导致躯体在水面和空气中暴露，体温骤降，这是加速其死亡的主要原因。另外，鲸鱼搁浅在沙滩上时，庞大的躯体长时间得不到海水的浮力作用，造成身体脏器受到压损，也加速了其死亡。
对搁浅鲸鱼遗骸的处理，一般来说有三种方法。一是制作成鲸鱼标本；二是在海滩上挖深坑就地掩埋；三是拖回大海深处，让其自然分解沉没。一般前两种方法比较常用。